连江海岸线长，岛屿海湾多，因此港口众多。宋元时期，定海湾就是境内出口的口岸，到清朝乾隆、嘉庆年间，琯头已成为重要商港。现有1个国家级渔港（黄岐渔港）、2个二级渔港、9个三级渔港、10多个天然渔港；拥有华电可门火电厂5万吨煤码头和1万吨重件码头、华电储运公司15万吨级卸船码头和5万吨级装船码头、可门港物流公司30万吨级卸船码头和5万吨级装船码头、琯头3000吨对台贸易码头、琯头3000吨油库码头、黄岐1000吨对台贸易码头等。

　　从我县港口资源条件看，目前港口码头开发利用的重点是福州港可门深水港区和琯头粗芦岛港区。

　　可门港区位于罗源湾的入海口可门头之内，罗源湾海域面积的三分之二属连江可门港。可门港具有深水、避风、避浪、规模大、锚地大、航道宽且顺直的特点，是福州港国际集装箱和大型散杂货、大型矿建、能源运输的主要港区，是全国少有的天然深水港湾。2002年，经交通部、省政府联合审查，将罗源湾可门港区规划纳入《福州港总体规划》，并已把罗源湾南岸可门港作为福州外海深水港，定位为国际集装箱和散杂货运输为主的多功能综合性深水港区、福建省及省外腹地外贸物资运输的重要口岸、福建对台“三通”的重要通道。根据规划，可门港区近期可供开发建设用地面积63平方公里，远期100平方公里，并将生活区规划在官岭一带，延伸至城关。岸线总长约30公里（新辉至浮曦），南岸线约9.4公里，可建码头38个，其中万吨级以上26个，西岸线约18.9公里，可建码头50个，其中可建5万吨级集装箱码头泊位25个。其后方4万亩多的大官坂垦区及广阔的马透平原具备承接石油、化工、钢铁、电力等大型临海工业和物流企业的天然优势，是福建省未来发展大型临港工业的首选地。目前，先期落地的中国华电可门火电厂5万吨煤码头和1万吨重件码头、华电储运公司15万吨级卸船码头和5万吨级装船码头、可门港物流公司30万吨级卸船码头和5万吨级装船码头已经建成投运，恒联公司码头、福能万业公司码头、南方石化公司码头、兴博公司码头等多个万吨以上码头陆续开工建设。央企项目神华福建罗源湾港储电一体化项目、中石油渤海石油装备福建钢管项目、华电可门三期火电项目、华电储运8#、9#码头项目、葛洲坝集团可门工业园区二期填方项目；大型外企印尼三林集团6#、7#码头项目、法国液化空气集团煤制氢项目；以及大型民企福建申远新材料有限公司己内酰胺项目、南方石化项目、福建恒捷实业有限公司差别化化纤项目、汇榕钢构、乐鑫建材、佳宇建材等三维项目都在大力推进中，随着这些项目的动建、投产，将大大推动福州北翼工业的崛起。

　　琯头粗芦岛港区位于闽江口南岸，闽江口入海处，四面环海。陆域宽广，掩护条件好，波浪小，泊稳条件好，可满足集装箱船舶的泊稳要求。港区距104国道6.5公里，目前长门与粗芦岛相连的粗芦大桥一桥、二桥均已竣工通车。港区至沈海高速公路琯头互通口仅8公里。目前，粗芦岛马尾船政工业园区8项基础设施配套工程已全面启动。全区供水、供电、供气扩容工程也正在作前期规划，以提升自身的项目承接能力。粗芦岛港区将以船舶修造产业链的打造、延伸为主，打造成全省乃至东南沿海一带具有一定规模和影响力的船舶修造基地和远洋渔业基地。